生信Mamba / ProtMamba，分两类：AI蛋白大模型（ProtMamba）、另有MemBrain膜蛋白预测软件**（容易混写成memba）。
一、ProtMamba（现在生信最热的Mamba蛋白模型）
1. 是什么
基于Mamba时序模型（替代Transformer）的蛋白质语言大模型（Protein LLM），2025年发在Bioinformatics牛津期刊。
- 不用多序列比对(MSA)、无注意力机制，超长蛋白序列算力远优于ESM、ProtBERT；
- 支持超长上下文，一次读成百上千条同源蛋白序列。
2. 核心用途（生信常用）
- 蛋白序列生成、蛋白从头设计（新药靶点蛋白改造）
- 突变适应性预测：单点突变→蛋白稳定性/功能好坏打分
- 蛋白无序区、结构、保守基序预测
- 同源蛋白补全、空缺氨基酸修复（FIM填充）
3. 衍生：BioMamba
国内生信团队开发的基因组/转录组Mamba模型，用于基因表达、变异、单细胞测序数据分析。
二、MemBrain（上海交大膜蛋白预测工具，极易被错读memba）
1. 是什么
老牌在线工具，**专门预测跨膜蛋白（膜蛋白）**跨膜螺旋区、残基接触、蛋白可及表面积。
- 网址：https://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/MemBrain/
- 分两个版本：
- MemBrain：α螺旋跨膜蛋白（细胞膜受体、离子通道）
- MemBrain-TMB：β桶型跨膜蛋白（细菌外膜蛋白）
2. 用途
输入氨基酸序列 → 输出：哪段氨基酸嵌在细胞膜上（跨膜区），药物靶点筛选必备。
三、补充：容易混淆的另外两个
- MEME：保守基序查找（motif），找基因/蛋白保守功能片段，和Mamba无关；
- bwa mem：测序reads基因组比对（二代测序比对命令），
bwa mem是比对算法名。
快速区分
- 做AI蛋白大模型、序列设计 → ProtMamba
- 预测膜蛋白跨膜区 → MemBrain
需要我补充安装/使用命令吗？
