摘要
目前脂质组学研究已有大量公共资源与规范，包括标准命名法、分类体系和脂质数据库，但这些资源之间并不总是相互兼容，导致难以在不同数据库中查找并比对同一脂质的信息。为解决这些难题，本文介绍脂质搜索引擎LipidLibrarian，可整合所有主流脂质数据库的信息并以统一形式呈现。构成LipidLibrarian综合检索引擎的３大核心信息来源为SwissLipids、LIPID MAPS和ALEX123；此外，还整合了LION/web、LINEX、LipidLynxX与Goslin等多种次级资源，用于强化检索结果并完成名称与层级转换。LipidLibrarian可通过易用的网页端访问，支持用通用名、简写符号、数据库标识符或精确质量检索脂质；也可作为Python包接入高通量脂质组学分析流程。LipidLibrarian的检索结果分为多个类别：命名、数据库标识符、质量、加合物、碎片离子、本体论术语及反应。对每个类别，工具均汇总各数据库结果并标注数据来源，便于用户快速判断不同数据库是否存在信息差异或冲突。综上，LipidLibrarian可实现便捷、全面、自动化的脂质信息检索，加速研究流程，是对科研界具有重要价值的工具。
josch.pauling@ukdd.de
#生物信息学 #数据库 #脂质 #整合 #可视化 #代谢 #多组学 #质谱 #生物化学 #脂质组学
官方访问地址
网页端
https://lipidlibrarian.ciobio.io
Python包
https://pypi.org/project/lipidlibrarian
源码仓库
https://github.com/lipitum/lipidlibrarian
材料与方法
工作流程
